2ª Parte: Año 2000 - 2012

En 2000 el Deportivo Cuenca sufrió un intento de ascender de categoría, no pudo ascender a la Serie A e intentó ascender pero no lo consiguió.En 2001 un grupo de jóvenes dirigentes liderados por la presidencia de Mario Esteban Espinosa, tomó a su cargo el club y luego de una extraordinaria campaña consiguió el ascenso a la Serie “A”. El último partido del cuadro rojo en la Serie B lo disputó ante la Unión Deportiva Juvenil (UDJ) de Quinindé el 28 de octubre de 2001. El partido terminó con una contundente victoria de 3 por 2 a favor del Cuenca, resultado que le permitió ocupar el segundo lugar del torneo, acompañando con Liga de Quito en primer lugar y líder Campeonato Nacional de Fútbol de la Serie B 2001, ganando de esa manera su retorno a la serie de privilegio para la temporada 2002. El regreso a la Serie “A” en 2002, el cual sería a la postre definitivo, trajo consigo gran expectativa nacional y la formación de barras organizadas, entre ellas la Crónica Roja. Además, los dirigentes se preparaban para devolverle al club la fortaleza institucional y deportiva que se había perdido en las dos últimas décadas. El regreso de Deportivo Cuenca a la Serie A, se produjo oficialmente el 8 de febrero de 2002, en un encuentro ante el Aucas, en un encuentro que cayó con el marcador de 2-1 a favor de los orientales en elEstadio Alejandro Serrano Aguilar luego de la derrota sobre el Emelec (campeón reinante) el 1 de febrero de 2002 en el Estadio George Capwell en el primer partido el campeón reinante del Campeonato Nacional de 2001 y sólido Emelec hizo en Guayaquil lo que no pudo en la final cayó la goleada 6 a 0 a favor del Emelec mal comienzo para el Deportivo Cuenca, justamente contra quien se había jugado el último en 1999, Así que en ese mismo año envió al cuadro morlaco a la Serie B del fútbol ecuatoriano cayó sobre el viejo rival 2-1 fue el4 de diciembre de 1999 en un encuentro que finalizó con el marcador de 6-0 a favor de los eléctricos en el Estadio George Capwell. Al final de la temporada el Deportivo Cuenca ocupó la quinta posición en el campeonato, detrás del Barcelona, Liga de Quito, El Nacionaly Deportivo Quito. En 2003 hace una gran campaña y clasifica al hexagonal final aunque no consigue clasificarse a la Copa Libertadores de América.

Año del Campeonato (2004)


Campeonato Ecuatoriano de Fútbol 2004.En 2004, bajo la presidencia de Manuel Vega Villa, Deportivo Cuenca vivirá el episodio más grande de su historia al sumar la primera estrella en su carrera. Todo se inicia con la contratación del técnico argentino Daniel Córdoba, quien incorpora al club jugadores extranjeros como Javier Klimowicz, Marcelo Velazco, Eduardo Iachetti y los nacionales Raúl Noriega, Giancarlos Ramos, Carlos Hidalgo, David Valencia y Jhon Cagua. Luego de una exitosa primera etapa, a mitad de camino se produce la salida del técnico Córdoba, quien deja al Cuenca clasificado a la Liguilla y se contrata a Julio “Turco” Asad.El título llegaría el 8 de diciembre de 2004, faltando dos jornadas para el final del torneo, cuando Deportivo Cuenca con 19.5 puntos, se hizo inalcanzable para sus seguidores, entre ellos Barcelona y Olmedo de Riobamba que quedó vicecampeón. Ese día el Cuenca ganó 3-2 a Aucas en Quito y la celebración estalló tras el final del juego entre El Nacional y Liga de Quito. El empate le volvía inalcanzable a los Rojos. Los aficionados se lanzaron a las calles a festejar, miles de vehículos hacían sonar sus pitos, estallidos de cohetes y juegos pirotécnicos. La conquista generó tal alegría en la hinchada que obligó a la apertura del estadio en donde miles de hinchas ovacionaron a sus ídolos. Previo a esto hubo una caravana desde el aeropuerto hasta el Estadio Alejandro Serrano Aguilar. El equipo base que conquistó el título de 2004 fue: Javier Klimowicz, Jhonny Pérez, Raúl Noriega, Segundo Matamba, John Cagua,Marcelo Velazco, Giancarlos Ramos, Raúl Antuña, David Valencia, Carlos Quiñónez y Walter Calderón. En 2005 el Cuenca se proclama vicecampeón nacional. En 2006 jugó en al Copa Libertadores, esa época el presidente fue Antonio Alvarez teniendo gran desempeño hasta el 2007 y comienza a aparecer la denominada VIEJA GUARDIA. En 2008, en la presidencia de Marcelo Herrera, el plantel clasifica a Copa Libertadores.

Regreso a los Torneos Internacionales

Tendría que correr 28 años,
para que el Cuenca nuevamente jugara la Libertadores. En 2005, el elenco reapareció en este certamen como campeón del Campeonato Ecuatoriano 2004. Sus rivales fueron Boca Juniors de Argentina, Pachuca de México y Sporting Cristal del Perú. Quedó en la primera etapa en cuarto puesto, luego de tres empates en casa y tres derrotas afuera.Su intervención en la Copa Libertadores de 2006 fue en calidad de vicecampeón del Torneo Clausura de 2005. En la fase clasificatoria jugó con el conjunto brasileño Goiás, en partidos de ida y vuelta. En su estadio igualó 1-1 y de visitante cayó 0-3. No clasificó para integrar los grupos que constituye la parte principal de la Copa Libertadores.En 2007, el Cuenca es vicecampeón nuevamente y clasifica a Copa Libertadores 2008. El goleador de 2007 en el Campeonato Nacional, fue el jugador de los registros del Expreso Austral, el argentino Juan Carlos Ferreyra. En la primera ronda de la Libertadores midió a los elencos de Estudiantes de La Plata y Lanús de Argentina y al Danubio de Uruguay. La gente celebró la victoria en Cuencasobre Estudiantes de La Plata 1-0 con gol del argentino Mauricio Ferradas. En los restantes partidos con Danubio en casa, Lanús enBuenos Aires y en Cuenca de vuelta con el equipo granate, empató 0-0, 0-0 y 1-1, respectivamente. En Montevideo, Danubio ganó 2-0 y contra Estudiantes de La Plata en Buenos Aires perdió 2-0.


En 2009, Deportivo Cuenca en Copa Libertadores integró el grupo de Copa Libertadores con Boca Juniors de Argentina, Guaraní deParaguay y Deportivo Táchira de Venezuela. En un histórico partido, los Rojos ganaron 1-0 de local a Boca Juniors de Argentina. El delantero Edison Preciado marcó el gol e hizo estallar de júbilo al público que abarrotó el Estadio Alejandro Serrano Aguilar. EnBuenos Aires, los rojos perdieron por idéntico marcador con Boca Juniors de Argentina. Ante Guaraní se igualó 1-1 de visita y se goleó 4-0 de local, con el Deportivo Táchira se obtuvo en casa el triunfo 3-1 y perdió 1-0 como visitante. Con estos resultados, Deportivo Cuenca avanzó hasta octavos de final, donde quedó eliminado a manos del Caracas FC. (2-1 en casa y 0-4 de visita).
En los tramos finales del Campeonato Nacional 2010, quedó sin opción de clasificar a Copa Libertadores de América.Otro evento internacional en el que participó Deportivo Cuenca, fue la extinta Copa Conmebol de 1999 contra el Sport Boys del Callaodel Perú.En el profesionalismo todos los presidentes merecen reconocimiento por mantener la pasión del balompié. Entre los que podemos mencionar están: Alejandro Serrano Aguilar, Humberto Pesantez, Luis Borrero Olives, Luis Orellana, Carlos Flores, Rodrigo Jarrín, Hernán Astudillo, Manuel Vega, Mario Esteban Espinosa, Marcelo Herrera y en la actualidad Julio León.Entre los técnicos más destacados de la historia figuran: Carlos Alberto Raffo, César Guillermo Reinoso, Luis Grimaldi, Héctor Morales, Julio Asad, Gabriel Perrone, Carlos Ramacciotti; de los cuencanos Rubén Vélez, quien fue cuarto en 1986 y Paúl Vélez, vicecampeón en 2009.